Фамилия Мудилка — редкий случай, когда основа слова почти полностью совпадает с современным бранным словом, но исторический смысл у неё совсем другой. Здесь работает та же логика, что и с фамилиями Дураков, Болванов или Негодяев: в прошлом эти слова не несли оскорбительного оттенка, а обозначали конкретные человеческие качества или обстоятельства.

Разбор начинаем с суффикса. Окончание -а типично для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным или уничижительным суффиксом -к(а). То есть Мудилка — это не «тот, кто мудит», а скорее «маленький, молодой или несерьёзный человек, связанный с корнем муд-». В древнерусском языке слово «муд» означало «мужское яичко», а «муди» — мошонку. Отсюда пошли прозвища, которые давали либо по физической особенности, либо как грубовато-шутливое именование для бойкого, драчливого парня.

Вторая, более прозаичная версия ведёт к глаголу «мудить» в его старом значении — «медлить, тянуть, делать что-то вяло». В северных и сибирских говорах «мудилой» называли нерасторопного, ленивого человека. Прозвище Мудилка могло закрепиться за тем, кто вечно копался или задерживал дело. В пользу этой версии говорит тот факт, что суффикс -л(а) в русских прозвищах часто образует названия деятеля с оттенком пренебрежения: плакса, ворчуна, зевака.

Географически фамилия встречается точечно — на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных областях России. Встречаются варианты написания через «о» — Модилка, что указывает на акающее произношение в южных говорах. Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Мудилка могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и казаку — слишком уж бытовой и конкретный у него корень.

Таким образом, носитель фамилии Мудилка может с равной вероятностью происходить от предка, которого дразнили за медлительность, или от человека с прозвищем, данным по анатомической особенности. Никакой связи с современным матом тут нет: в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись, это было просто одно из множества бытовых прозвищ, грубоватых, но не табуированных.