Фамилия Мудилкин — русская, образованная по стандартной патронимической модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность («чей?»). Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Мудилка. Чтобы понять суть, нужно сразу разобраться с корнем: он восходит к слову «муд» (или «мудь») — в древнерусском языке так называли мужское яичко, то есть часть тела. Отсюда пошли слова «мудак», «мудила» и прочие, но в основе лежало не ругательство, а анатомическая реалия, которая могла стать прозвищем.

Прозвище Мудилка, скорее всего, имело не грубый, а бытовой или шутливый оттенок. В крестьянской среде подобные прозвища давали за особенности внешности, поведения или за какую-то историю. Человек мог получить такое прозвище, если был медлительным, вялым, «размякшим» — в народе это связывали с образом «мудилы» как чего-то дряблого и нерасторопного. Другая версия, менее вероятная: прозвище могли дать за сварливый или вздорный характер, но для этого чаще использовали «мудак» или «мудень». Слово «мудилка» — уменьшительная или пренебрежительная форма, что намекает на ироничное отношение окружающих.

Суффикс -ин в фамилии Мудилкин работает как притяжательный: сын Мудилки. Такие фамилии в XVI–XVII веках массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми в центральной России, особенно в северных и поволжских землях. Аристократическая среда такие основы почти не использовала — слишком низкое и телесное происхождение. Поэтому предки Мудилкиных — скорее всего, крестьяне или ремесленники, жившие в сельской местности.

Стоит отметить, что в современных справочниках (например, у Б. Унбегауна в «Русских фамилиях») фамилии с корнем «муд-» не выделяются в отдельную группу из-за их малочисленности и табуированности. Встречаются однокоренные варианты: Мудичев, Мудеев, Мудаков — но Мудилкин стоит особняком из-за редкого суффикса -лк-. Такая модель (глагольная основа + -лк- + -ин) характерна для прозвищ, образованных от действий: например, «мешалка» — Мешалкин, «копалка» — Копалкин. Мудилка, вероятно, тоже от глагола «мудить» — то есть медлить, тянуть, делать что-то вяло. В некоторых диалектах глагол «мудить» имел значение «бездельничать» или «канителиться». Так что фамилия могла закрепиться за ленивым или неспешным человеком.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным открытых источников, Мудилкины встречаются в основном в центральных регионах России (Тверская, Ярославская области) и на Урале. За пределами страны почти не фиксируется — это чисто русская фамилия, не адаптированная в других языках. В советское время носители могли столкнуться с неудобством из-за созвучия с матерной лексикой, но корень у фамилии древний и не несёт оскорбительного значения — он лишь отражает народную манеру называть людей по самым приземлённым, но ярким признакам.