Фамилия Мугалина — наглядный пример того, как географическая привязка может стать основой фамильного имени. В её основе почти наверняка лежит не личное имя и не прозвище по профессии, а топоним — название населённого пункта Мугалино или Мугалинский. Такие фамилии на -ин типичны для центральной России и Поволжья: они отвечали на вопрос «чей?» и указывали на принадлежность к определённой местности или хозяину усадьбы.

Корень «мугал-» восходит к этнониму «могол» (монгол). В русской исторической традиции «мугалами» называли монгольские племена, а в Поволжье и Приуралье это слово закрепилось за тюркоязычными группами, испытавшими монгольское влияние. Деревни с названием Мугалино встречаются в Татарстане, Удмуртии и Кировской области — именно оттуда, скорее всего, пошла фамилия. Первым носителем мог быть человек, переселившийся из такого села: в документах его записывали как «Иван Мугалин» — то есть Иван из Мугалина.

Суффикс -ин в фамилии не случаен. В отличие от более распространённого -ов, он указывает на основу женского или мягкого рода. Если бы фамилия образовалась от прозвища «Мугала» (человек, похожий на монгола или выходец из Моголистана), форма Мугалин была бы логичной. Женская форма Мугалина закрепилась как стандартное окончание для женщин в русской антропонимии.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским мужским именем Мугал, которое в некоторых тюркских языках означает «сильный», «могучий». Однако для русской фамильной модели такое прямое заимствование без топонимического посредника встречается реже. Учитывая распространённость деревень Мугалино, географическое происхождение остаётся основным.

Фамилия редкая, не попала в число дворянских родовых имён и не фиксируется в дореволюционных родословных книгах. Её носители — в основном крестьянского или мещанского происхождения, расселившиеся по Волго-Вятскому региону. Встречается также у татар и башкир — как русифицированная форма фамилии Мугалин (с тем же корнем, но с тюркским суффиксом принадлежности).