Фамилия Мугайдинова — довольно редкая, и её разбор стоит начать с основы. В центре — мужское имя Мугайдин. Это сложносоставное имя арабского происхождения, распространённое в мусульманских культурах, особенно у татар, башкир и народов Кавказа. Первая часть «му» (مُ) — приставка со значением «тот, кто», а вторая восходит к слову «гайдин» (غايدين) — «идущий правильным путём», «направляющийся к цели». В целом имя Мугайдин осмысляется как «следующий верной дорогой» или «идущий по истинному пути». Встречается и вариант с более прозрачной этимологией: от арабского «мухиддин» (محي الدين) — «оживляющий веру», но для формы «Мугайдин» переход звуков «х» в «г» и редукция гласных типичны для тюркской языковой среды.

Суффикс «-ова» в окончании указывает на женский вариант фамилии. Мужская форма — Мугайдинов — образована по стандартной русской модели: к основе имени добавили притяжательный суффикс «-ов». Такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда у тюркских народов, входивших в состав Российской империи, фамилии оформляли по русскому образцу. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком по имени Мугайдин, и его дети или внуки получили фамилию по отцу: «чей?» — Мугайдинов.

Географически фамилия Мугайдинова тяготеет к Поволжью и Приуралью. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов, но реже — у них более распространена форма с окончанием «-улы/кызы». Таким образом, с высокой вероятностью предки современных Мугайдиновых были татарами или башкирами, а сама фамилия — относительно поздняя, не старше середины XIX века, когда началась массовая фиксация фамилий у нерусского населения.

В отличие от многих фамилий на «-ов», которые образованы от бытовых прозвищ или названий ремёсел, Мугайдинова ведёт происхождение напрямую от личного имени с религиозным оттенком. Это говорит о том, что родоначальник, вероятно, был человеком набожным или уважаемым в общине, раз его назвали «идущим верным путём». Других версий — от географических названий или профессий — для этой фамилии не существует: корень прозрачен и не даёт повода для альтернативных толкований.