Фамилия Мугунова — женская форма, мужской вариант — Мугунов. В основе, скорее всего, лежит тюркское или монгольское слово «мугун» (варианты: муун, мугун). В бурятском и монгольском языках «мугун» означает «серебро». Соответственно, прозвище Мугун могли дать человеку, связанному с серебром: ювелиру, торговцу драгоценностями или просто обладателю светлых, «серебристых» волос. Есть и другая версия, менее распространённая: в некоторых тюркских диалектах «мугун» — это «печаль», «скорбь», но такое прозвище вряд ли стало бы фамильным, поэтому версия с серебром выглядит убедительнее.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов-, который присоединяется к основам на согласный. Таким образом, из прозвища Мугун сделали притяжательное прилагательное «Мугунов сын», то есть «сын Мугуна». Суффикс -а в женском варианте — стандартное окончание, указывающее на принадлежность к роду. Подобные фамилии типичны для народов Сибири и Дальнего Востока, где русские патронимические модели наложились на местные имена и прозвища.

Географически фамилия Мугунова встречается в Бурятии, Иркутской области и Забайкалье. Это зона активных контактов русских с бурятами и другими монголоязычными народами. Вероятнее всего, предки носителей фамилии были бурятами или эвенками, которые в XIX–XX веках получили русские фамилии по своим родовым или личным именам. Встречаются также единичные случаи фамилии у калмыков, что подтверждает её монгольские корни.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Мугунова в дореволюционной России чаще всего относились к казачьему или крестьянскому сословию, реже — к купечеству. Серебро как символ достатка могло указывать на зажиточный род, но точных данных об этом нет. Известных исторических личностей с такой фамилией, которые бы вошли в общероссийские энциклопедии, не зафиксировано, что типично для локальных фамилий.

В написании фамилии возможны варианты: Мугунова, Мугунов, реже — Мугунова с ударением на второй слог. Встречается искажённое написание «Мугонова» — это результат аканья в устной речи, но словарная форма закреплена через «у».