Фамилия Мукалыкова — редкий пример, где географический и языковой следы видны почти сразу, но окончательная версия всё равно остаётся гипотезой. Основа фамилии — «Мукалык» — не встречается в списках древнерусских имён или прозвищ, и это главная подсказка. Скорее всего, перед нами русифицированная форма тюркского или кавказского имени или прозвища.

Суффикс -ов (в женском роде -а) типичен для русской фамильной модели, но он «приклеился» к основе, которая в русском языке не имеет прозрачной этимологии. Если разобрать «Мукалык» на части, напрашивается связь с тюркским корнем «мука» — горе, страдание, мучение (ср. татарское «мөкә» или казахское «мұқа»). В таком случае «Мукалык» могло быть прозвищем человека, пережившего тяжёлую судьбу, или именем-оберегом, данным, чтобы отвести беды. Аффикс -лык/-лык в тюркских языках образует прилагательные или существительные со значением «обладающий качеством»: «мукалык» — «горестный», «мученик».

Есть и другая версия, связанная с топонимом. В Казахстане и Киргизии встречаются населённые пункты с корнем «Мукалы» (например, село Мукалы в Жамбылской области). Тогда фамилия могла образоваться от названия места, откуда родом предок: «Мукалык» — выходец из Мукалов. При переходе в русскую среду к основе добавили -ов, что дало фамилию, звучащую как типичная русская, но с иноязычным корнем.

Социальный контекст тоже играет роль: фамилии на -ов с тюркской основой часто получали крещёные татары, башкиры или представители народов Поволжья и Урала, переходившие в православие. В документах XIX века такую фамилию могли записать как Мукалыков, а потом закрепить в женской форме по мужу или отцу.

Споров тут два: можно ли считать основу именем-оберегом или топонимом, и не является ли «Мукалык» искажённым вариантом другого имени (например, Мукали — арабского происхождения, от «высокий»). Первая версия — прозвище от «муки» — выглядит правдоподобнее, потому что в тюркской ономастике такие «защитные» имена реально существовали. Топонимическая версия слабее: нет уверенности, что название села Мукалы древнее фамилии, а не наоборот.

Так или иначе, носительница фамилии Мукалыкова может с высокой вероятностью предположить, что её предки — тюркоязычные люди, получившие русскую фамильную форму в XIX–XX веках. Точное значение корня уточнить по письменным источникам сложно: фамилия редкая, в словарях Унбегауна или Никонова она не упоминается.