Фамилия Муканалиев образована от имени Муканали. Оно состоит из двух компонентов: «мукан» и «али». Первая часть именование Муканали представляет собой диалектный вариант имени Мухамметхан. Оно сочетает в себе арабское прилагательное «мухаммет» со значением «прославляемый» и древнетюркское существительное «хан», переводящееся как «господин, повелитель». Вторая часть имени Муканали восходит к арабскому прилагательному «гали», то есть «великий, мощный, дорогой, сильный». Таким образом, именование Муканали можно трактовать как «восхваляемый могущественный монарх». Таким образом, потомок человека, которого звали Муканали, со временем получил фамилию Муканалиев.