Фамилия Мухаметвафин — яркий пример тюрко-арабского именослова, адаптированного русской патронимической моделью. В основе лежит сложное мужское имя Мухаметвафа, где первая часть — Мухамет (араб. Мухаммад, «восхваляемый», «достойный хвалы»), а вторая — Вафа (араб. «верность», «исполнение обещания»). В сумме имя можно перевести как «Верный Мухаммаду» или «Мухаммад, верный слову». В исламской культуре это имя подчеркивало преданность пророку и твердость в вере.

Словообразовательный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Мухаметвафы» или «из рода Мухаметвафы». Это типичный способ русификации татарских, башкирских и других тюркских фамилий в Поволжье и Приуралье. В отличие от суффикса -ов, который чаще встречается у фамилий из тюркских основ на согласный, -ин присоединяется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный (как в данном случае — на -а).

Географически фамилия Мухаметвафин почти наверняка восходит к среде татар или башкир, исторически исповедующих ислам. Массовое закрепление таких фамилий произошло после переписи населения конца XIX — начала XX века, когда крестьянам и мещанам начали массово записывать фамилии по отцу. До этого человека могли называть просто Мухаметвафа улы (сын Мухаметвафы) без родового прозвища.

Редкость фамилии — её отличительная черта. В отличие от массовых Мухаметшиных или Мухаметзяновых, Мухаметвафин встречается реже, что говорит о локальном бытовании исходного имени. Возможно, предок носителя был уважаемым человеком в своей общине, раз его полное имя легло в основу фамилии, а не сокращенный вариант. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — торговцами или служилыми татарами.