Фамилия Муханкин — редкий случай, когда прозвище могло возникнуть и в русской, и в тюркской среде, но с разной мотивацией. Самое простое объяснение лежит на поверхности: основа «мухан» или «муханка» — это диалектное название мучного изделия, каши или похлёбки. В некоторых говорах «муханкой» называли мучную болтушку, а «муханить» означало «есть, хлебать». Тогда Муханкин — потомок человека, которого в деревне дразнили за любовь к еде или за то, что он постоянно что-то жевал. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Муханкин, то есть сын или человек из рода Муханки.

Сложность в том, что «Мухан» — это ещё и арабское имя (вариант Муханна, Муханнад), означающее «меч» или «острый клинок». У татар и башкир имя Мухан (или Муханна) встречалось, и от него образовывали фамилии по русской модели: Муханов, Муханкин. В этом случае фамилия — не от прозвища, а от личного имени предка-мусульманина, которое при переписи адаптировали под русское окончание -ин. Какая из версий верна для конкретного человека, можно понять по географии: если корни из Поволжья или Приуралья, скорее тюркская основа; если из центральных или северных русских областей — прозвищная.

Встречается и третья, более прозаичная возможность: связь с глаголом «мухать» (в диалектах — «бить, колотить»). «Муханка» — плеть или плётка, а «мухан» — тот, кто бьёт. Фамилия могла закрепиться за драчуном или, наоборот, за пастухом, который работал с кнутом. Однако эта версия менее вероятна: в письменных источниках XVIII–XIX веков фамилия Муханкин фиксируется в основном в южнорусских и волжских губерниях, где сильны были тюркские заимствования.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ин — один из древнейших русских патронимических суффиксов (отвечает на вопрос «чей?»). Сравните: Мухан → Муханкин. Окончание -ин, а не -ов, часто указывает на прозвище или имя, оканчивающееся на -а/-я, что характерно для уменьшительных форм (Муханка, Муханя). В современных справочниках фамилия нечастотна, но встречается в республиках Татарстан и Башкортостан, а также в Самарской и Оренбургской областях, что косвенно подтверждает её восточное происхождение.

Таким образом, предок носителя фамилии Муханкин мог быть либо человеком с прозвищем Муханка (любитель поесть или драчун), либо носителем тюркского имени Мухан, которое в русской среде переоформили по привычной модели. Выбор между версиями остаётся за семейными преданиями и архивными записями.