Фамилия Муханькова — женская форма фамилии Муханьков, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русских фамилиях часто встречаются -ов/-ев или -ин, а здесь мы видим -ьков. Это говорит о том, что основа фамилии оканчивалась на мягкий согласный: не «Мухан», а «Мухань». Такая модель характерна для прозвищ или имён, которые в народной речи смягчались, теряя твёрдый конец.

Корень «Мухан» — тёмный, и тут возможны две версии. Первая: от тюркского слова «мухан» (или «муханне»), что в некоторых диалектах означало «печальный», «грустный» или даже «плакса». Вторая, более вероятная для русской среды: это вариант имени Моисей (в просторечии Муся, Мухан) или производное от слова «муха» — так могли прозвать назойливого, суетливого человека. Сравните с фамилиями Мухин, Муханов — они одного корня, но Муханьков стоит особняком из-за мягкого знака.

С точки зрения географии, фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях — там, где активно смешивались русские и татарские говоры. Это косвенно подтверждает, что основа могла быть заимствованной, но адаптированной под русское словообразование.

Социальный контекст: фамилия недворянская, скорее крестьянская или однодворческая. Образование через -ьков указывает на патроним (прозвище отца), но не через отчество на -ич, а через уменьшительную форму. То есть предка могли звать Муханька — ласково или иронично, от «Мухан» или «муха». В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто записывали как «Муханков», и только позже закрепился мягкий знак.

Самая редкая деталь: по данным некоторых региональных архивов, в Рязанской губернии встречалось написание «Муханьковъ» с твёрдым знаком на конце, что лишний раз подчёркивает — фамилия фиксировалась на слух, а не по книжному правилу. Это типично для фамилий, возникших в устной среде, где прозвище передавалось от отца к сыну без вмешательства грамотеев.