Фамилия Маханкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Маханкин буквально означает «сын Маханки» или «человек из рода Маханки». Основа здесь — прозвище или уменьшительная форма личного имени Махан, а само имя Махан — это, скорее всего, вариант крестильного имени Максим или Матвей в народном произношении. В русских говорах звук «кс» часто упрощался до «х», поэтому Максим превращался в Махсим, а затем и в Махан. Аналогично Матвей мог дать форму Махвей и далее Махан.

Вторая, менее очевидная, но вполне реальная версия — связь с тюркскими корнями. Слово «махан» в ряде тюркских языков (например, в казахском, татарском) означает «мясо» или «еда», а также могло быть прозвищем мясника или человека, связанного с торговлей скотом. В южнорусских и поволжских регионах, где русские долго соседствовали с тюркскими народами, такие заимствования в прозвищах не редкость. Однако фамилия Маханкин с суффиксом -ин — типично русская по форме, что говорит об адаптации тюркского корня в русской среде.

Географически фамилия встречается не слишком широко, но заметна в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах активного смешения русского и тюркского населения. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Маханко, от которого и пошла фамилия. Сословно Маханкины чаще всего были крестьянами или мещанами: фамилия не относится к дворянским, и в родословных книгах она почти не фиксируется.

Таким образом, в основе фамилии лежит либо народная форма христианского имени, либо тюркское прозвище по роду занятий. В любом случае, Маханкин — типичная русская фамилия, вобравшая в себя следы языкового и культурного соседства.