Фамилия Маланкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от имени или прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?»). В основе лежит личное имя Маланка — просторечная, уменьшительная форма от церковного имени Мелания (греч. Melania — «чёрная», «тёмная»). В народной среде имя часто переосмысливалось, теряя связь с первоначальным значением, и звучало как Маланья, Маланка. Отсюда и пошла фамилия: Маланкин — буквально «сын (или потомок) Маланки».

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев (Иванов, Петров), суффикс -ин в русском языке традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я. Поэтому Маланкин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Путятин (от Путята) или Фомин (от Фома). Это указывает на древность модели и её бытовое, а не книжное происхождение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, а также к Поволжью. Встречается она нечасто, что объясняется относительной редкостью исходного имени Маланка в крестьянской среде по сравнению с теми же Иванами или Василиями. Однако в некоторых регионах, особенно там, где были сильны старообрядческие традиции, имя Мелания (и его производные) держалось дольше.

Версия о происхождении от прозвища Маланка — менее вероятна, но возможна. В диалектах словом «маланка» могли называть что-то тёмное, смуглое (по смыслу греческого оригинала) или, наоборот, давать его в ироничном ключе человеку со светлой кожей. Но в большинстве случаев ономасты сходятся на крестильном имени как на первичном источнике.

Социальный состав носителей фамилии — преимущественно крестьянский и мещанский. В дворянских родословных книгах Маланкины почти не фигурируют, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных форм имён без дополнительных суффиксов дворянского звучания (вроде -ский). Это фамилия человека из народа, чей предок был известен в своей деревне под домашним именем Маланка.