Фамилия Мухатжанов является фонетическим вариантом фамилии Мухатджанов. Фамилия Мухатджанов образована от мужского тюркского имени Мухатджан. Первая из них восходит к имени Мухат, диалектной форме имени Мухаммет, которое в переводе с арабского означает «восхваляемый, прославляемый». Таким образом, буквально имя Мухатджан переводится как «душа Мухаммета». Таким образом, потомок человека, которого звали Мухатджан, со временем получил фамилию Мухатжанов.