Фамилия Мухиденов — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на имя восточного происхождения. Суффикс -ов указывает на типично русский способ образования фамилий: «чей?» — «Мухиденов», то есть сын или потомок человека по имени Мухиден. Это прямо говорит о том, что основа фамилии — личное имя.

Имя Мухиден (также встречаются варианты Мухиддин, Мухитдин) — арабского корня, распространённое у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, казахов, народов Кавказа и Средней Азии. Оно восходит к арабскому «Мухйи ад-Дин» (محي الدين), что означает «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Это теофорное имя, то есть содержащее отсылку к Богу (ад-Дин — «вера, религия»). В мусульманской традиции такие имена давали с надеждой, что человек станет защитником и распространителем веры.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Мухиденов был мусульманином, и его звали Мухиден. Когда этот человек попал в русскоязычную среду — например, в результате переселения татарских служилых людей, торговли или после присоединения Поволжья и Приуралья к Русскому государству — его имя оформили по русскому обычаю: добавили суффикс принадлежности -ов. Так имя отца стало фамилией сына.

Стоит отметить, что фамилия Мухиденов не является ни самой распространённой, ни редкой в своей среде. Она встречается прежде всего у татар и башкир, реже — у казахов и народов Дагестана. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков подобные фамилии на -ов от арабских имён фиксировались в среде служилых татар и ясачных крестьян. Это говорит о том, что носители фамилии не обязательно были духовными лицами — имя мог получить и обычный ремесленник, крестьянин или воин, а фамилия лишь закрепила его как родовое прозвание.