Фамилия Мухсян — редкий для русского уха случай, и сразу бросается в глаза её нерусское происхождение. Суффикс -ян указывает на армянские корни: в армянском языке этот суффикс означает принадлежность к роду или происхождение («из рода такого-то»). Основа фамилии, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Мух, Мухо или Мухс.

Здесь возможны две версии. Первая, более прозрачная: основа «мух» может быть вариантом тюркского или арабского имени, связанного с понятием «печать» (мухр) или «угол» (муха). В армянской среде такие заимствования встречались. Вторая версия — связь с армянским словом «мух» (մուխ), что значит «дым», «туман». В этом случае прозвище Мух мог получить человек с дымчатым цветом лица, либо тот, кто жил в туманной местности, либо даже кузнец или печник — работа с дымом была его ремеслом.

Словообразовательная модель типична для армянских фамилий, которые массово оформлялись в XIX веке. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Мухов или Мухин, но суффикс -ян однозначно отсылает к Закавказью. Географически носители фамилии Мухсян чаще всего связаны с западными областями исторической Армении или с регионами, где армянские общины были рассеяны после геноцида 1915 года.

В русском языке фамилия сохранила своё исконное написание, но произносится с ударением на последний слог: Мухся́н. Встречается она нечасто, и в открытых источниках нет сведений о многочисленных известных носителях. Это фамилия, которая говорит о принадлежности к армянскому роду, а точное значение её основы — «дымный», «туманный» или «печатный» — остаётся предметом лингвистической догадки, пока не найдены семейные предания.