Фамилия Мукомель — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В ней не нужно искать тюркские или финно-угорские корни: перед нами чисто русская профессиональная фамилия, образованная от названия ремесла. Мукомол — тот, кто мелет муку, мельник или работник на мельнице. Фамилия закрепилась в форме Мукомель, а не Мукомолов, что сразу выдаёт её южнорусское или украинское происхождение: в этих говорах суффикс -ель (-иль) нередко заменял стандартное -ец или -ник (сравните: коваль, ткаль, швель — вместо кузнец, ткач, швец).

Словообразовательная модель проста: основа «мукомол» утратила конечный гласный и получила суффикс -ель, который в восточнославянских фамилиях встречается редко и обычно указывает на лицо по действию. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого в округе знали как «Мукомель», то есть просто «мельник». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые привязывали к отцу (Мукомолов — сын мукомола), форма Мукомель застыла как прозвище-идентификатор самого мастера.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Она встречается в документах по Харьковской, Полтавской, Екатеринославской губерниям, а также среди запорожских казаков. В реестрах Войска Запорожского XVIII века попадаются прозвища «Мукомел», «Мукомоль» — это фиксация живого украинского произношения. Сословно носители фамилии относились к крестьянам и казакам, реже — к мещанам. Дворянских родов Мукомель не зафиксировано, что логично: ремесленная фамилия не давала привилегий, а указывала на занятие, кормившее род.

Интересная деталь: в некоторых говорах «мукомелем» могли называть не просто мельника, а скупщика зерна или человека, который возил муку на продажу. Но основное значение — работник, связанный с помолом — остаётся главным. Фамилия не утратила прозрачности: её смысл прочитывается сразу, без обращения к словарям, что редкость для фамилий столь давнего происхождения.