Фамилия Мукомела — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную глагольную форму. В её основе лежит повелительное наклонение глагола «мукомолить», то есть «молоть муку», или же прямая команда «мукомела!» — «мели муку!». Такие фамилии, образованные от глагольных форм (вроде Гуляй, Держи, Непейпиво), в русской ономастике называют «фонетическими» или «императивными». Они закреплялись за человеком как прозвище: либо за мельником, который постоянно был занят помолом, либо за непоседой, которого в шутку подгоняли этой фразой.

Вторая часть фамилии — «мела» — отсылает к древнерусскому «мести» (молоть, дробить). Получается, что Мукомела — это почти буквальное описание профессии: «тот, кто мелет муку». Однако суффикс -а указывает на мужской род в именительном падеже, что нетипично для русских фамилий, обычно стоящих в родительном падеже (Мукомелов). Такая форма чаще встречается на западнорусских и украинских землях, где фамилии на -а, -я (Шевченко, Палий) или прямые прозвища (Гуляй, Ломака) сохранялись без патронимического суффикса.

В отличие от распространённой фамилии Мукомолов (с суффиксом -ов, указывающим на «сына мукомола»), Мукомела — более древняя и редкая, застывшая в виде личного прозвища. Предок носителя такой фамилии, скорее всего, был мельником или работником на мельнице, но не в дворянском или купеческом сословии, а в крестьянской или ремесленной среде, где прозвища давали по делу.

Географически фамилия Мукомела тяготеет к южным и центральным областям России, а также к Украине, где императивные фамилии встречаются чаще. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании. Сегодняшние носители могут найти корни в сёлах, где мельница была центром хозяйственной жизни.