Фамилия Мукужанов — тюркская по происхождению, что сразу заметно по характерному суффиксу -ов, который в русской среде получили многие фамилии из Казахстана, Средней Азии и Поволжья. Основа фамилии — личное имя Мукужан, которое популярно у казахов, узбеков и отчасти у татар.

Имя Мукужан, в свою очередь, составное. Первая часть, «Муку», скорее всего, восходит к арабскому корню «мук» или «мука», который в тюркской передаче мог означать «святой», «благословенный», либо быть вариантом имени Мухаммад (в сокращённой бытовой форме). Вторая часть — «жан» — ключевой компонент многих тюркских имён, переводится как «душа» или «жизнь». Таким образом, имя Мукужан можно истолковать как «святая душа» или «благословенная жизнь». Это типичный пример восточной антропонимии, где к религиозному или почётному корню добавляют ласкательный эпитет.

Фамилия Мукужанов образована по простой и распространённой модели: к основе Мукужан прибавили русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае означает «принадлежащий Мукужану», то есть «сын Мукужана». Такой способ адаптации тюркских имён в русской официальной среде массово применялся в XIX — начале XX века при записи в метрические книги и переписи населения. Носители фамилии — потомки человека по имени Мукужан, жившего, скорее всего, в казахской степи, в Хивинском ханстве или в татарских селениях Поволжья.

С точки зрения географии, фамилия Мукужанов наиболее частотна в Казахстане, особенно в южных и западных областях, где распространены имена с компонентом «жан». В России встречается реже, в основном среди потомков переселенцев из Средней Азии или среди татар. Сословного барьера фамилия не несёт: её могли носить как скотоводы-кочевники, так и оседлые ремесленники или торговцы — всё зависело от конкретного рода.

В отличие от фамилий, образованных от названий профессий или прозвищ, Мукужанов — чисто патронимическая, «отцовская» фамилия. Она не указывает на занятие предка, а лишь фиксирует его личное имя. Если сравнивать с однокоренными вариантами, например, Мукушев или Мукажанов, то разница в первой части имени (Мукуш, Мукаш) может быть просто диалектным произношением или разной записью одного и того же корня.