Фамилия Мукужанова — женская форма фамилии Мукужанов, и её происхождение почти наверняка ведёт в тюркоязычную среду, скорее всего — в казахскую или башкирскую. Основа «Мукужан» — это составное личное имя, типичное для мусульманских народов бывшей Российской империи. Первая часть, «Мук-», восходит к арабскому «Мухаммад» (прославленный, достохвальный), которое в разговорной речи тюрков часто сокращалось до «Мука», «Мукы» или «Мүкә». Вторая часть — «ужан» — явно связана с персидским «джан» (душа, жизнь), которое в тюркских языках превратилось в «жан» или «зан». Таким образом, Мукужан — это «душа Мухаммада» или «живущий ради Мухаммада», то есть имя, данное в честь пророка, с ласкательным оттенком.

Суффикс «-ов/-ева» в фамилии — русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским именам при оформлении фамилий по русскому образцу. В самой казахской традиции фамилии часто оканчиваются на «-ұлы» (сын) или «-қызы» (дочь), но при переходе в русскую документацию их русифицировали. Фамилия Мукужанова — результат именно такого «перевода»: от имени отца Мукужан сделали фамилию по модели «чей?» — Мукужанов, а потом, для женщины, добавили окончание «-а».

Географически фамилия встречается почти исключительно в регионах с компактным проживанием казахов и башкир: в Западно-Казахстанской, Актюбинской, Костанайской областях Казахстана, а также в Оренбургской области России. Встречаемость невысокая, что указывает на относительно молодую фамилию (оформилась не раньше конца XIX века) и на то, что родоначальник был конкретным человеком, а не целым селом или родом. Носители фамилии — потомки того самого Мукужана, который, судя по имени, был верующим мусульманином, возможно, из среды скотоводов или мелких торговцев.

С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что сохранила редкий для русского уха вариант имени «Мухаммад» — через «ук» вместо более привычного «хам» или «хаммад». Это не ошибка переписчика, а живая диалектная форма, бытовавшая в степных говорах. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Мухамеджанов или Мукажанов, то Мукужанова стоит особняком: она демонстрирует максимальную степень фонетического сжатия. Никакой сословной принадлежности по фамилии не определить — её могли носить и зажиточные казахи, и бедняки, так как имя Мукужан не было прерогативой знати.