Фамилия Мулакова — женская форма, мужская — Мулаков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Мулак. Такие имена в русской традиции нередко давали по внешним или поведенческим чертам, и здесь возможны два основных объяснения.

Первое и самое прямое: мулак — диалектное слово, означающее «мулат», то есть человек смешанного европейского и африканского происхождения. Вряд ли речь идёт о буквальном этническом признаке — скорее, так могли прозвать смуглого, темноволосого человека, чей облик выделялся на фоне светловолосого большинства. Прозвища по цвету кожи и волос (Черняк, Беляк, Рыжий) очень распространены, и Мулак встаёт в один ряд с ними.

Второй вариант — связь с тюркскими языками. В татарском, башкирском, казахском слово «мулла» (арабского происхождения) означает служителя культа, грамотея, учителя. Уменьшительная форма Мулак могла закрепиться за сыном или учеником муллы, либо за человеком, который вёл себя важно, «по-мулльи». В Поволжье и на Урале, где русские и тюркские народы веками жили рядом, такие заимствования в прозвищах — обычное дело.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) указывает на принадлежность: Мулаков — «сын Мулака» или «из рода Мулака». Фамилия образована по стандартной русской модели, что говорит о её закреплении в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII–XVIII веков. Географически фамилия чаще встречается в центральных областях России и в Татарстане, что косвенно подтверждает обе версии происхождения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мулаков, Мулаев, Муллаев — показывает, что второй вариант (от «муллы») более продуктивен в тюркоязычных регионах. Однако в чисто русских областях, где нет татарского влияния, версия с прозвищем по внешности выглядит убедительнее.