Фамилия Мулаков — редкий случай, когда прозвище почти наверняка перешло в фамилию без изменений, минуя крестильное имя. Основа здесь — не каноническое имя, а тюркское слово «мулак» или «муллак». В диалектах татарского, башкирского и казахского языков так называли человека, который учился у муллы, но сам ещё не стал духовным лицом, либо молодого грамотея, прошедшего начальный курс в мектебе. В переносном смысле «мулак» могло означать «полузнайка», «прихлебатель при мулле» — беззлобное, но точное прозвище.

Суффикс -ов указывает на русскую модель патронимического образования: Мулаков — «сын Мулака». Такое оформление тюркских основ типично для Поволжья и Приуралья, где русские писцы адаптировали местные прозвища под стандарт великорусских фамилий. Носители фамилии, скорее всего, происходят из татарских, башкирских или мишарских семей, которые перешли на русский язык документооборота, но сохранили бытовое прозвище предка.

Интересно, что в отличие от фамилии Муллаков (от «мулла» — духовное лицо), Мулаков несёт оттенок ученичества, неполного статуса. Это могла быть фамилия служилых татар, ясачных крестьян или даже бывших крепостных, чей предок отличался начитанностью, но не имел духовного сана. Встречается фамилия в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, изредка — у сибирских татар.

Другие версии, например, от арабского «мулак» (множество, толпа) или от диалектного русского «мулакать» (болтать, говорить невнятно), выглядят натянутыми: первая не даёт понятного прозвища, вторая не подтверждается распространением фамилии в чисто русских регионах. Так что ключ к фамилии — в её тюркско-мусульманском корне и социальном оттенке «недоучившегося грамотея».