У фамилии Мулатов две основные версии происхождения, и обе ведут в разные уголки бывшей Российской империи. Первая и самая прямая — от тюркского имени или прозвища Мулат. В тюркских языках слово «мулат» (или «мулла») означало грамотного человека, знатока Корана, духовное лицо. Однако здесь важно не путать с арабским «мулла»: в тюркской среде прозвище Мулат могли дать не только служителю культа, но и просто начитанному, уважаемому человеку в общине. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — сын Мулата, потомок Мулата.

Вторая версия связывает фамилию с кавказским регионом. Среди осетин, чеченцев и ингушей встречается имя Мулат — возможно, местная форма от арабского «мухаммад» или производная от исконного имени. В этом случае фамилия Мулатовы — русифицированный вариант, который появился в документах при записи горцев в казачье сословие или при переселении. География подтверждает эту гипотезу: заметное число Мулатовых живёт в Северной Осетии и Кабардино-Балкарии.

Словообразовательная модель проста: корень Мулат- плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь работает твёрдое окончание, что характерно для фамилий, образованных от имён на согласный. Любопытно, что однокоренная фамилия Мулатовский встречается реже — она могла возникнуть у тех, кто учился в духовной семинарии и получил «облагораживающий» суффикс -ский.

Сословная принадлежность Мулатовых не прослеживается единообразно. В метрических книгах XIX века попадаются как крестьяне и казаки, так и мещане. Никаких дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет. Это фамилия народная, и её носители — потомки тех, кого в своём окружении называли «мулатом»: уважаемого старика, муллы или просто человека с восточным именем.