Фамилия Малатов происходит от мужского имени Малат — тюркской или арабской формы, близкой к имени Мавлют. У этого имени несколько значений, и все они связаны с рождением или родной землёй: «родная земля», «день рождения» (имеется в виду мавлид — мусульманский праздник в честь рождения пророка Мухаммеда) и «новорожденный младенец». Поэтому, скорее всего, предок носителя фамилии получил имя в честь праздника или как пожелание ребёнку.

Менее распространённая, но любопытная версия — финикийское происхождение основы. Слово «малат» на финикийском означало «гавань». Если эта гипотеза верна, фамилия могла быть связана с местом жительства предка у моря или торговой пристани. Однако эта версия слабее: финикийские корни в русских фамилиях — большая редкость, и надёжных подтверждений ей нет.

Ещё один вариант — украинское прозвище от слова «малата» (кушанье из кукурузной муки, наподобие мамалыги). Так могли прозвать любителя этого блюда или человека, который его готовил. Но здесь нужно учитывать, что фамилия Малатов встречается не только на юге России и Украины, но и в Поволжье, где кукурузная каша не была традиционной. В тех краях убедительнее выглядит версия с тюркским именем.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Малат добавили патронимический суффикс -ов. Буквально Малатов — «сын Малата». Такая модель типична для фамилий, возникших в XV–XVII веках у русских, татар, башкир и других народов, входивших в состав Российского государства. Встречается фамилия в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди потомков крещёных татар.