Фамилия Малатинский — это нечастая русская фамилия, которая почти наверняка имеет не русское, а польское или украинское происхождение. Её выдает суффикс -ский, который в восточнославянской традиции чаще указывает на дворянское или шляхетское происхождение, а также на связь с географическим названием. В отличие от простых «крестьянских» фамилий на -ов и -ин, которые образовывались от имени или прозвища отца, фамилии на -ский в массе своей закрепились за теми, кто владел землёй или происходил из определённой местности.

Основа фамилии — «Малатин» — скорее всего, восходит к названию населённого пункта. В Польше и на западе Украины встречаются топонимы вроде Малатин, Малатын, Малатино. Если предок был шляхтичем, его могли записать как «Малатинский» — то есть «из Малатина». Такой способ называния был стандартным для польской знати: человек брал фамилию по своему поместью или родовому гнезду. Не исключён и более простой вариант: основа могла произойти от прозвища Малата — так в южнорусских и украинских говорах могли называть человека невысокого роста или с каким-то дефектом речи (от «малый», «мало» с характерным смягчением). Но в таком случае логичнее было бы ждать фамилию Малатин, а не Малатинский.

Есть и третья, менее вероятная, но возможная версия: связь с еврейским именем Мелатия (в русской передаче Малатия), которое встречается в Библии. В таком случае фамилия могла появиться у потомков человека по имени Малатия, принявших православие или католичество. Однако для этой гипотезы нет надёжных подтверждений, и она уступает топонимической.

В России фамилия Малатинский встречается редко, в основном в записях XIX — начала XX века. Её носители могли быть выходцами из Речи Посполитой, переселившимися в центральные губернии после разделов Польши. В советское время фамилия почти исчезла из массового обихода, и сегодня её можно встретить скорее у потомков тех, кто сохранил память о шляхетских корнях.