Фамилия Малатова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Малатов. Строится она по самой частотной в русском языке модели: суффикс -ов- и окончание -а. Такая форма указывает на принадлежность («дочь» или «жена» Малатова). Но что скрывается за корнем «Малат-»? Тут есть две версии, и одна из них куда правдоподобнее.

Первая и самая вероятная: корень восходит к тюркскому имени Малат (варианты — Малата, Малатка). В татарском и башкирском языках «малат» означает «мальчик» или «сын», но чаще это было личное имя, производное от арабского «Мухаммад» в местной огласовке. Если предок носил имя Малат, то его потомки автоматически становились Малатовыми — стандартная для XVI–XIX веков схема. География фамилии это подтверждает: Малатовы встречаются в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где русские крестьяне и казаки плотно контактировали с тюркским населением.

Вторая версия — от прозвища Малата, связанного с диалектным глаголом «малатить» (молотить). В южнорусских говорах «малатой» могли назвать работника на току или просто сильного, крепкого человека. Но здесь слабое место: суффикс -ов- в фамилиях, образованных от прозвищ с окончанием -а, обычно даёт форму Малатин, а не Малатов. Исключения возможны, но редки. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Интересная деталь: фамилия Малатова сохранила ударение на втором слоге (Мала́това), что характерно для основ, пришедших из восточных языков, где ударение не смещалось на первый слог. В русских фамилиях от прозвищ ударение чаще падает на корень (Ма́латов). Эта фонетическая особенность — ещё один аргумент в пользу версии с личным именем.

Сословно Малатовы не были аристократами. Скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая не раньше XVII века, когда массово закреплялись фамилии у непривилегированных слоёв. В архивных записях XIX века Малатовы фигурируют как государственные крестьяне Казанской и Оренбургской губерний.