Фамилия Муракин образована от прозвища или нецерковного имени Мурака. В русской ономастике это уменьшительная форма от слов «мур» или «мурый» — так в северных и сибирских говорах называли кота, а также «мурлыку» или человека с густым, низким голосом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Муракин буквально значит «сын Мураки» или «человек из рода Муракиных».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В рязанских и тамбовских говорах «мурака» — это человек, который делает всё медленно, «мурыжит» дело. Если предок получил такое прозвище за неторопливость или въедливость, фамилия могла закрепиться за его потомками. Оба значения не противоречат друг другу: прозвища часто давали и по внешним признакам (мягкий, «кошачий» нрав), и по поведению.

В отличие от фамилий на -ов (Мураков, Муров), которые встречаются чаще, Муракин — более редкая форма. Она характерна для территорий, где был распространён севернорусский тип образования фамилий с суффиксом -ин. По переписям XIX века носители фамилии фиксировались в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях. В центральных и южных регионах фамилия почти не встречалась — там преобладал вариант Мураков.

Интересно, что основа «мур-» породила целое гнездо родственных фамилий: Мурашов, Мурашев, Муратов (от тюркского «мурат» — «желанный»), но Муракин стоит особняком. В отличие от них, он не имеет тюркских корней и не связан с животным «мураш» (муравей). Это чисто русская модель, где прозвище перешло в фамилию без посредничества крестильного имени.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. По данным открытых телефонных справочников, наибольшая концентрация носителей — в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает её северное происхождение.