Фамилия Мурсакулов образована по тюркской модели с суффиксом -ов, который в русской среде присоединяли к мусульманским именам и прозвищам. Основа фамилии — составное имя Мурсакул, где первая часть Мурса (араб. «посланник», один из эпитетов пророка Мухаммеда) соединяется с Кул (тюрк. «раб, слуга»). В буквальном смысле Мурсакул означает «раб Посланника», то есть человека, посвятившего себя служению пророку. Такие имена были распространены у народов Средней Азии, татар и башкир, где религиозные формулы вплетались в личные имена.

Скорее всего, фамилия Мурсакулов имеет киргизские или казахские корни. В этих языках имя Мурсакул встречается до сих пор, а фамилии на -ов и -ев массово появлялись у кочевых народов в XIX — начале XX века при переходе к оседлости и учёте в Российской империи. Встречаются носители фамилии и среди узбеков, но там чаще сохраняется вариант Мурсакулов без адаптации под русский суффикс.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Мурсакула». В русской традиции так оформляли фамилии даже от неправославных имён, поэтому Мурсакулов — не исключение, а пример того, как тюркское имя обрело славянское окончание. Других версий происхождения, например от географического названия или прозвища по ремеслу, для этой фамилии нет: всё указывает на патронимическую модель.

Сословно предки Мурсакуловы, скорее всего, были крестьянами или скотоводами — титулованных родов с такой фамилией не зафиксировано. Если искать однокоренные фамилии, то Мурсалимов (от Мурсалим) и Мурсалов построены по тому же принципу, но с другим вторым компонентом.