Фамилия Мурзалипов — один из тех случаев, когда основа говорит о социальном статусе предка, а суффикс — о его происхождении. Корень здесь — тюркское слово «мурза» (от персидского «мирза» или «эмир-заде» — «сын эмира, княжич»). В тюркской иерархии (у татар, башкир, ногайцев) мурзой называли представителя знати, военного предводителя или крупного землевладельца, обычно из чингизидов или потомков местных феодалов.

Вторая часть фамилии — «-лип» — это искажённый или диалектный вариант аффикса «-лы», который в тюркских языках образует прилагательные со значением обладания. То есть «Мурзалы» — «имеющий мурзу», «принадлежащий к мурзам». В русской канцелярской традиции XVIII–XIX веков такие составные тюркские прозвища часто записывали на слух, заменяя конечный гласный на твёрдый согласный, облегчая склонение. Так «Мурзалы» превратилось в «Мурзалип», а затем по русской модели добавился патронимический суффикс «-ов», означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Мурзалипов — это «сын того, кто был из мурз».

В отличие от фамилий на «-ин», которые в Поволжье часто указывали на прямое родство с конкретным человеком (Мурза — Мурзин), суффикс «-ов» здесь прикреплён к прозвищу, описывающему сословную принадлежность. Это сближает фамилию с такими примерами, как Князев или Бояринов, но с чёткой тюркской основой. Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Оренбургской области и Татарстану — территориям, где институт мурз сохранялся дольше всего, вплоть до XIX века. В метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии встречаются среди тептярей и башкир-вотчинников, что косвенно подтверждает их привилегированное, хотя и не обязательно аристократическое, прошлое.

Спорных версий у фамилии практически нет: арабское имя «Мурза» (с ударением на второй слог) встречается редко и не даёт такой словообразовательной цепочки. Правдоподобнее всего считать, что предок нынешних Мурзалиповых в XVII–XVIII веках носил прозвище Мурзалип, которое чётко указывало на его происхождение из служилого или родового сословия, а при переходе на русскую фамильную систему это прозвище закрепилось за его детьми.