Фамилия Мурзайкин образована от прозвища Мурзайка, которое восходит к тюркскому титулу «мурза». В переводе это слово означает «принц», «князь», «господин». Так на Руси называли знатных татар, а после завоевания Казанского и Астраханского ханств — и тех татарских мурз, которые переходили на русскую службу и принимали православие. Прозвище Мурзайка — это уменьшительно-ласкательная форма, которая могла закрепиться за сыном мурзы или за человеком, который служил при таком вельможе.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мурзайкин буквально значит «сын Мурзайки», «ребёнок Мурзайки». Это одна из древнейших моделей русских фамилий, которая складывалась ещё в XV–XVI веках. Интересно, что фамилия сохранила именно народную, обиходную форму прозвища, а не официальный титул: носителей звали не «Мурзиными» и не «Мурзаковыми», а именно Мурзайкиными — так, как имя звучало в повседневной речи.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские семьи могли получить их лишь в XIX веке. Но основа фамилии — тюркская, и это делает её памятником восточной письменности и культуры на русской почве. Родственные фамилии — Мурзин, Мурзаев, Мурзаков — встречаются чаще, а Мурзайкин остаётся более редким и потому особенно выразительным вариантом.