Мусаахунова — фамилия, в которой ясно читается арабское имя Муса (библейский Моисей, почитаемый в исламе как пророк) и тюркский компонент «ахун». Вторая часть восходит к персидскому «ахунд» — «учёный, наставник, духовное лицо». У народов Средней Азии, особенно у узбеков и таджиков, слово «ахун» закрепилось как обозначение мусульманского богослова или проповедника.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Мусаахун» прибавлен суффикс -ов, а затем женское окончание -а. В мужском варианте — Мусаахунов. Такая модель типична для народов бывшего СССР, где русская паспортная система «русифицировала» множество восточных имён, добавив фамильный суффикс. Мужской вариант фамилии — Мусаахунов.

Географически фамилия редкая. Её носители, скорее всего, происходят из регионов с узбекским или таджикским населением, возможно, из Ферганской долины или Самаркандской области. Компонент «ахун» в фамилии указывает на то, что предок мог быть религиозным деятелем — муллой, учителем при мечети или человеком, получившим религиозное образование.

Словообразовательная модель здесь необычна: имя Муса соединилось с титулом, а не с отчеством или прозвищем. Это отличает фамилию от более частых «Мусаев» или «Мусабеков», где вторая часть — суффикс или титул «бек». В случае Мусаахунова мы видим прямое указание на статус: «Муса-ахун» — буквально «Муса-учёный» или «Муса-проповедник». Фамилия могла закрепиться за потомками конкретного уважаемого человека, которого в народе называли именно так — по имени и званию.

В написании возможны варианты: Мусаахунова, Муса-Ахунова, но паспортная форма, как правило, слитная. Фамилия не имеет отношения к русским или славянским корням, это яркий пример того, как исламская культура и тюркская языковая среда, пройдя через советское делопроизводство, оставили след в фамильном наследии.