Фамилия Мусакунова — женская форма фамилии Мусакунов. Она образована по классической русской модели с суффиксом -ов/-ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мусакунов, то есть потомок Мусакуна. Суффикс -ун в основе — один из самых редких в русских фамилиях. Он характерен для прозвищ, образованных от глаголов со значением действия или свойства: «крикун», «молчун», «говорун». В данном случае основа «Мусак» — скорее всего, тюркское личное имя или прозвище.

Вероятнее всего, фамилия восходит к мужскому имени Муса — арабскому варианту библейского Моисея, широко распространённому у народов, исповедующих ислам (татары, башкиры, казахи, народы Кавказа). Суффикс -ак в тюркских языках часто придаёт имени ласкательный или уменьшительный оттенок: Муса + -ак = Муса́к, то есть «маленький Муса», «Мусенька». Затем к этому имени добавили тюркский же суффикс -ун, который может указывать на человека, обладающего качеством, или просто усиливать звучание. Получилось Мусакун — «тот, кто из рода Мусы» или «сын Мусака». Русский суффикс -ов окончательно оформил фамилию по патронимическому принципу.

Географически фамилия Мусакунова встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, а также в Средней Азии, особенно в Узбекистане и Кыргызстане. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя или прозвище Мусакун. Социальный состав предков мог быть любым: от крестьян до купцов и духовенства, поскольку имя Муса не было закреплено за каким-то одним сословием.

В русском языке фамилия сохраняет ударение на предпоследнем слоге: Мусаку́нова. Вариантов написания, кроме как с буквой «с» в корне, практически нет, хотя в старых записях могли встречаться формы вроде «Мусакун» без окончания. Это не массовая фамилия, и её редкость — дополнительный ключ к тому, что она возникла в локальной среде, возможно, в одном селе или роде.