Фамилия Мусайбеков — хороший пример того, как тюркское имя и арабское заимствование сплавились в русской фамильной модели. В основе лежит составное мужское имя Мусайбек, где первая часть — арабское Муса (библейский Моисей, в исламе — пророк Муса), а вторая — тюркский титул «бек» (господин, князь, знатный человек). Таким образом, имя переводится как «господин Муса» или «князь, подобный Мусе».

Фамилию образовали по стандартной восточнославянской схеме: к основе добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Мусайбеков буквально означает «потомок Мусайбека». В отличие от чисто русских фамилий на -ин, здесь суффикс -ов присоединился к основе, оканчивающейся на согласный, что типично для адаптации тюркских имён в русской среде.

Главная особенность этой фамилии — она почти не встречается в центральной России. Её география привязана к регионам с тюркским и кавказским населением: Дагестан, Чечня, Азербайджан, а также Средняя Азия. В русских документах фамилия закрепилась в XIX–XX веках, когда мусульманские имена стали оформлять по общероссийским стандартам. До этого носители могли писаться просто как «Мусайбек» или «Мусайбек-оглы» (сын Мусайбека).

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что вариация с -ов — самая распространённая. Встречаются также Мусайбекян (с армянским суффиксом) и Мусайбеков-оглы (с сохранением отчества). Сама форма имени Мусайбек — не самая частая среди составных имён на «бек» (вроде Алимбек, Рустамбек), что делает фамилию более узнаваемой.

Происхождение фамилии не связано с конкретным ремеслом или сословием — она указывает на имя предка, который, судя по титулу «бек», мог принадлежать к местной знати или уважаемому роду. Однако в XX веке фамилия стала массовой и утратила сословную окраску.