Фамилия Мушаков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Мушаков уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Мушаков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Скорее всего, фамилия Мушаков восходит к имени Мушак, производной форме мусульманского мужского имени Мухаммед. В переводе с арабского языка оно означает «восхваляемый, прославляемый». Согласно другой гипотезе, фамилия Мушаков является исконно русской и ведет свое начало от прозвища Мушак, в основе которого лежит нарицательное «мушка» или «муха». Подобное прозвище могло принадлежать человеку ловкому, быстрому, легкому на подъем. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Мушаков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Мушаков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.