Фамилия Мушанкова образована от мужского имени или прозвища Мушанок, Мушанко. Основа здесь — «муш-», а суффикс «-анок/-анко» указывает на уменьшительно-ласкательную форму, характерную для украинской и белорусской традиции. Такие модели фамилий (на -анко, -енко) типичны для восточнославянского ономастикона, особенно для территорий современной Украины, юга Беларуси и прилегающих областей России.

Что скрывается за корнем «муш-»? Самая прямая и распространённая версия — связь с диалектным «муха». В южнорусских и украинских говорах «мушанка» или «мушанец» могли называть человека, который ловит мух, борется с ними, либо того, кто раздражает окружающих, как назойливое насекомое. Прозвища по насекомым в крестьянской среде были обычны — они давались за особенность поведения или внешности. Менее вероятна, но не исключена связь с тюркским «муса» (Моисей) в народной переработке, но тогда фамилия звучала бы как Мусанов или Мусинков.

С географической точки зрения, фамилия Мушанкова — вариант женского рода от Мушанков, и её носительницы исторически концентрируются в южных регионах России (Белгородская, Воронежская области) и на востоке Украины. Судя по окончанию на -ов, а не на -ин, фамилия прошла русификацию: украинское прозвище на -анко при записи в русских документах получило стандартный суффикс принадлежности -ов. Предок, получивший такое прозвище, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником — прозвища по бытовым признакам редко давали знатным людям.

В письменных источниках фамилия встречается с XVIII века в ревизских сказках Слободской Украины. Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Мушанкова. В отличие от более частых фамилий на -ов, эта сохраняет редкую основу, что делает её заметной в списках однокоренных — например, Мушанкин, Мушанов — но те образованы от других суффиксов и могут иметь иное происхождение.