Фамилия Мущицкая — женская форма (носительница — женщина), мужской вариант — Мущицкий. В основе фамилии лежит прозвище или прилагательное, образованное от слова «мущицкий» (или «мущицкой»), которое в свою очередь восходит к слову «мущина» — устаревшей форме слова «мужчина». Такое написание встречалось в старых документах и говорах: ещё в XIX веке в письмах и записях можно увидеть «мущина» вместо привычного нам «мужчина». Таким образом, Мущицкий — это «тот, кто относится к мужчине», «мужской», а в переносном смысле — «крепкий, мужественный».

Словообразовательная модель — суффикс -цк-, который чаще всего встречается в фамилиях польского происхождения или в тех, что образованы от географических названий (по типу «елецкий», «зарецкий»). В случае с Мущицкой это не топоним, а прозвищная основа, что более характерно для украинской и белорусской традиции: там суффикс -цкий активно присоединяли к нарицательным словам. Вероятнее всего, фамилия имеет западнорусские, украинские или белорусские корни — на это указывает и звучание, и модель.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с польским словом muszczyca (устар. «мужская особь») или с глаголом muszczeć (диал. «мужчинать», «возмужать»). Однако в польском языке фамилия Muszczycka встречается редко, и её основа скорее всего та же — от «мужчина». Спорных версий немного, и самая правдоподобная — прозвище, данное либо за внешнюю мужественность, либо за характер, либо за то, что человек был единственным мужчиной в семье или роду.

Фамилия не относится к числу массовых, её носители в основном сосредоточены в западных областях России, на Украине и в Беларуси. В дореволюционных метрических книгах Мущицкие встречаются среди мещан и крестьян, реже — среди духовенства. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.