Фамилия Мушинская ведет начало от прозвища Мушиня, а то, в свою очередь, образовано от слова «мушка, муха». Подобные «насекомые» прозвища — Муха, Комар, Жук — были широко распространены на Руси и в Украине. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Михаила Васильевича Муху Беклемишева (вторая половина XV века), Петра Федоровича Мухина (конец XV века) и Васюка Мухина, митрополичьего дьяка 1526 года. Этот ряд показывает, что прозвища от названий насекомых не были редкостью и встречались даже в среде московской администрации.

Что могло стоять за прозвищем Мушиня? Скорее всего, так называли человека ловкого, легкого на подъем, верткого. Но не исключено, что прозвище отражало и менее лестные черты характера — некоторую назойливость или пронырливость. В народе прозвища такого рода часто давали не по внешнему сходству, а по поведению, поэтому обе трактовки имеют право на существование.

Форма Мушинская указывает на женскую линию рода или на принадлежность к семье Мушинских, где родовое прозвище было закреплено за главой дома. Позже прозвище Мушиня, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, что и закрепило за потомками фамилию Мушинские, а затем и Мушинская.