Фамилия Мушин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Муша образована от слова «мушка, муха». Подобные прозвища (Муха, Комар, Жук), в основе которых лежит название насекомых, были широко распространены на Руси и в Украине. Веселовского упоминаются: Михаил Васильевич Муха Беклемишев, вторая половина XV в.; Петр Федорович Мухин, конец XV в.; Васюк Мухин, митрополичий дьяк, 1526 г. Прозвище Муша могло принадлежать человеку ловкому, легкому на подъем. Также оно могло отражать особенности характера предка-основателя данной фамилии — некоторую назойливость или пронырливость. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Муша, со временем получил фамилию Мушин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мушин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мушин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.