Фамилия Мушенко звучит на украинский лад, но корень у нее, скорее всего, общий с русскими фамилиями Мушников и Мушнин. В основе лежит прозвище Мушник. Чаще всего так в старину называли мучника — человека, который торговал мукой или занимался ее размолом. Мука в крестьянском хозяйстве значила не просто продукт, а основу жизни. Кашу даже считали «праматерью хлеба», и крупу в приготовлении блюд нередко заменяли именно мукой. Тот, кто продавал этот жизненно необходимый товар, пользовался на селе особым уважением, поэтому прозвище Мушник было скорее почетным, чем обидным.

Суффикс -енко в фамилии указывает на украинское происхождение и означает «сын» или «потомок». То есть Мушенко — это буквально «сын Мушника». Такая модель образования фамилий была массовой на землях современной Украины и юга России, поэтому географически фамилия тяготеет к этим регионам.

Существует и другая, более экзотическая версия происхождения. Слово «мушан» встречалось у черемисов, как раньше называли марийцев. Так именовали жреца и кудесника, человека, которому приписывали сверхъестественные способности. Если допустить, что прозвище Мушник дали потомку такого шамана, то фамилия могла бы указывать на необычное, сакральное прошлое рода. Однако эта гипотеза выглядит менее убедительной: для славянского населения, говорившего по-русски или по-украински, заимствование подобного термина из марийского языка маловероятно, а вот связь с привычным словом «мука» лежит на поверхности и не требует дополнительных объяснений.

Формирование фамилий шло постепенно, на протяжении нескольких столетий, и окончательно закрепилось лишь к XIX веку. Поэтому сказать точно, где именно и когда появился род Мушенко, можно только после глубоких генеаленических изысканий. Но в любом случае, носитель этой фамилии может с большой долей уверенности считать, что его предок был человеком заметным — либо уважаемым торговцем мукой, без которой не обходился ни один стол, либо, если верить редкой версии, хранителем древних тайн.