Фамилия Мушина — женская форма от мужской фамилии Мушин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Муха. В русской традиции такие «насекомые» прозвища были обычным делом: Муха, Комар, Жук, Паук. Их давали не из-за внешнего сходства с насекомым, а по поведению — например, назойливому, вертлявому или надоедливому человеку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мушин — «сын Мухи» или «человек из рода Мухи».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «муха» означала не только насекомое, но и мелкую соринку, пылинку, а также — переносно — бедного, незаметного человека, «мелкую сошку». В этом случае фамилия могла закрепиться за крестьянином невысокого достатка или за человеком неброской внешности. Оба толкования не противоречат друг другу: прозвище Муха в любом случае указывало на какую-то характерную черту — либо поведения, либо положения.

Фамилия Мушина не относится к числу редких, но и не слишком распространена. Встречается в центральных областях России, на Урале и в Поволжье. Поскольку фамилия образована по простой модели «прозвище + -ин», её носителями в прошлом были в основном крестьяне и посадские люди — дворянские роды с такой основой почти не известны. Однокоренные фамилии — Мухин, Мухинский, Муханов — имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о независимом возникновении в разных регионах.

В написании фамилии стоит обратить внимание на одну гласную: Мушина пишется через «у», а не через «ю» (не «Мюшина»). В редких случаях, особенно в украинской или белорусской среде, фамилия могла произноситься с мягким «ш», но в русском литературном варианте ударение падает на первый слог: Му́шина.