Фамилия Мушкутанов — одна из тех, где корень спорит с суффиксом, а происхождение упирается в диалектное слово. Начинаем с конца: суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный. Основа — «Мушкутан» — звучит не по-русски, и здесь ключ к разгадке.

Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам, распространённым в Поволжье и на Урале. Слово «мушкут» (или «мушкута») в казахском, башкирском и татарском наречиях связывают с чем-то ароматным, пряным — от «мушкут» (мускус, благовоние) или «мушкута» (вид пахучей травы). В таком случае прозвище Мушкутан мог получить человек, имевший дело с пряностями: торговец, знахарь, парфюмер. Либо так дразнили того, кто любил душиться или пахнул от ремесла. Суффикс -ан в тюркских именах и прозвищах не редкость (сравните Алтан, Булат), а русское окончание -ов просто русифицировало эту форму.

Менее убедительно, но возможно, что в основе лежит диалектный русский глагол «мушкать» — в некоторых говорах это «мешкать, медлить, возиться». Тогда Мушкутан — медлительный, копотливый человек. Однако эта версия слабее: глагол редок, а для фамилии с таким нехарактерным окончанием тюркское объяснение выглядит естественнее.

Географически фамилия Мушкутанов тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — зоне давних контактов русского и тюркского населения. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного родоначальника в конкретном селе.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — типичная среда для прозвищ, перешедших в фамилии. Никаких громких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает народный корень.

Таким образом, Мушкутанов — это «сын человека, связанного с благовониями или пряностями», и фамилия хранит память о восточном влиянии на русский быт.