Фамилия Мускоиди — редкая и нестандартная для русского языка. Её окончание -иди выбивается из привычных моделей на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия греческого происхождения. В греческой ономастике суффикс -иди (или -идис) указывает на принадлежность к роду, примерно как русское «сын такого-то». Так, фамилии вроде Пападис, Христофиди образованы от личных имён или прозвищ. Основа «Муско» может восходить к греческому «мускос» — мускус (ароматическое вещество) или к слову «муска» — муха. В первом случае прозвище мог получить парфюмер или торговец благовониями, во втором — человек с назойливым характером или мелкий, суетливый. Есть и менее вероятная версия: связь с греческим топонимом Муско (например, деревня на Крите), тогда фамилия означала бы выходца оттуда.

В русском контексте фамилия Мускоиди могла появиться вместе с греческими переселенцами — например, в XIX веке, когда греки селились в Причерноморье, Крыму или на Кубани. В советское время такие фамилии нередко русифицировали, меняя окончание на -ов, но Мускоиди сохранила исходную форму. Это делает её ценной подсказкой для генеалогического поиска: если вы носитель этой фамилии, корни стоит искать в греческих общинах, а не в центральной России. Среди известных носителей фамилия не засветилась, что только подтверждает её редкость и локальный характер.