Фамилия Мускаиди — редкая и необычная для русского слуха. Её происхождение, скорее всего, не связано со славянскими корнями, а указывает на греческие или румынские (арумынские) истоки. В основе фамилии лежит греческое слово «мускас» (μούσκας) или румынское «muscă» — «муха». Суффикс «-иди» (или «-идис») — типичный патронимический формант в новогреческом языке, указывающий на происхождение от отца или предка: «сын Мускаса» или «потомок того, кого прозвали Мухой». Таким образом, Мускаиди — это греческая фамилия, образованная от прозвища.

Прозвище «Муха» в разных культурах могло даваться человеку за назойливость, суетливость, маленький рост или, наоборот, за умение «жужжать» — быть говорливым. В греческой ономастике такие «насекомые» прозвища не редкость, и они не всегда носили уничижительный оттенок. Интересно, что в румынском языке слово «muscă» также имеет переносное значение «каприз», «причуда», что добавляет ещё один возможный смысловой слой: прозвище могли дать человеку со странностями.

Географически фамилия Мускаиди встречается в среде понтийских греков (выходцев с побережья Чёрного моря) и греков, живших на территории бывшей Османской империи. После обмена населением в 1920-х годах многие носители фамилии оказались в Греции, а часть — в диаспоре, в том числе в России, на Украине и в Грузии. В русском языке фамилия закрепилась без изменений, сохранив греческое окончание, что делает её легко узнаваемой среди других «иностранных» фамилий.

Словообразовательная модель здесь проста, но показательна: основа «муска» (греч. «муха») + суффикс принадлежности «-иди». В отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», этот формант не склоняется по падежам и жёстко привязан к мужскому роду. Женский вариант фамилии — Мускаиди (неизменяемая форма) или, в греческой традиции, Мускаиду. Социальный статус предков-носителей этой фамилии, скорее всего, был скромным: прозвища от названий насекомых редко давали знати. Вероятнее всего, это были крестьяне, ремесленники или торговцы, жившие в греческих общинах Малой Азии или Причерноморья.