Фамилия Муска в разных славянских и соседних традициях имеет два независимых корня, и понять, какой именно стал основой для конкретной семьи, можно только по региону и истории рода. Первая и, пожалуй, более распространённая версия ведёт фамилию от румынского нарицательного musca — «мушка, муха». В старину это насекомое наделяли глубоким символическим смыслом: мушку связывали со злом, порчей и сверхъестественными силами, чаще злыми. Демонов нередко изображали в виде мух или мушек, поэтому имя-оберег Муска давали ребёнку с обратной логикой: надеясь уберечь сына от беды и сглаза, родители называли его именно так, чтобы злые силы приняли мальчика за «своего» или обошли стороной. В таком случае фамилия — это след древнего охранительного прозвища, которое должно было обеспечить красивого и здорового наследника.

Вторая версия уводит в венгерскую среду. В старину венгерское слово muszka служило этническим прозвищем для русских. Так могли назвать человека русского происхождения, жившего в смешанной или иноязычной среде, и прозвище закреплялось за ним и его потомками как указание на национальность. Эта гипотеза особенно правдоподобна для территорий, где исторически соприкасались венгерское и славянское население, например в Закарпатье или на землях бывшей Австро-Венгрии.

Словообразовательно фамилия проста: она не имеет типичного славянского суффикса -ов, -ин или -ский, а застыла в форме исходного прозвища. Это характерно для фамилий, которые оформились на стыке культур или в среде, где не было жёсткой традиции русификации имён. Выбор между версиями стоит делать по географии: на западе Украины, в Молдове и в румыноязычных областях логичнее первая трактовка, а в венгерских анклавах и прилегающих к ним регионах — вторая. Не исключено, что обе линии развивались параллельно и независимо, и современные носители фамилии Муска могут иметь совершенно разных предков — от молдавского крестьянина, давшего сыну имя-оберег, до русского человека, получившего прозвище от венгерских соседей.