Фамилия Мускатинов — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, произошло не от занятия, а от вкуса или пристрастия. В её основе лежит слово «мускат» — так называли и сорт винограда, и вино из него, и даже особый сорт груш или орехов. В южных регионах Российской империи, особенно в Крыму, на Кубани и в Бессарабии, мускат был хорошо известен. Человек, получивший прозвище Мускат, мог быть виноделом, торговцем вином или просто большим любителем этого напитка.

Суффикс -ин- указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мускатинов, то есть сын Муската. В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей образования фамилий, но применительно к южной, «виноградной» основе она звучит необычно. Интересно, что параллельно существовала и фамилия Мускатов, образованная по той же модели, но с суффиксом -ов. Мускатинов встречается реже и может указывать на более позднее закрепление прозвища или на конкретный говор, где предпочитали форму на -ин.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с личным именем Мускат, которое могло быть производным от канонического имени Моисей в его народных формах (Мосей, Мусей). Однако в этом случае фамилия, скорее, звучала бы как Мусатов или Мусин. Поэтому «винная» версия выглядит убедительнее, особенно если учесть, что предки Мускатиновых, вероятно, жили в тёплых винодельческих регионах, где такое прозвище было бы понятно каждому.