Фамилия Мускатин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская, южная основа. Вопреки ожиданию, это не отчество от имени Мускат (такого крестильного имени не было), а прозвище, связанное с виноделием или торговлей.

В основе фамилии лежит слово «мускат» — сорт винограда и ароматное вино из него. В русский язык термин пришёл через французский или итальянский, а туда — из латыни (muscus — «мускус», за сладковатый запах ягод). Прозвище Мускат или Мускатин могли дать виноделу, торговцу вином или человеку, который любил приложиться к бутылке. В южных губерниях Российской империи, особенно в Новороссии, на Дону и Кубани, где активно развивалось виноградарство, такие прозвища были не редкостью.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Мускатин», то есть сын или потомок Муската. По этой же модели образованы десятки русских фамилий от прозвищ на -а, -я (Пушкин, Репин), и Мускатин здесь не исключение, хотя основа явно заимствованная. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Мускати́н, как того требует южнорусская и украинская произносительная традиция (ср. Кислов, но Мускатов).

Есть и более редкая, маловероятная версия: от географического названия. В Италии существует город Мускатине (Muscatine), но связь с русской фамилией практически исключена — массовых переселений оттуда не было. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии либо выращивал мускатный виноград, либо торговал им, либо получил ироничное прозвище за пристрастие к сладкому вину.

Фамилия немногочисленна, встречается в основном на юге России и Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дворянских родословных книгах не зафиксирована — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждает её прозвищное, ремесленное происхождение.