Фамилия Мустейкис звучит для русского уха непривычно, и сразу понятно: перед нами литовская фамилия. Её основа — прозвище Мустейка, а суффикс -ис указывает на литовскую модель образования фамилий. Такой суффикс в Литве типичен для фамилий, которые произошли от прозвищ или имён, и он буквально означает «сын такого-то» или просто «относящийся к такому-то». Поэтому Мустейкис — это, по сути, «потомок Мустейки».

Самого прозвища Мустейка в письменных источниках мы не находим, но его происхождение реконструируется достаточно уверенно. Скорее всего, оно восходит к топониму Мустейка — так называется деревня на юге Литвы, входящая в состав Дзукийского национального парка. Это местечко — этнокультурная деревня боровых и принеманских дзуков, и оно считается архитектурным памятником. Дзуки — одна из исторических этнических групп литовцев, живущая на юго-востоке страны. Прозвище Мустейка могли дать человеку, который перебрался в город или в другую местность из этой деревни, — такой способ именования по месту прежнего жительства был повсеместным.

Происхождение самого названия Мустейка точно не установлено, и здесь есть простор для гипотез. Наиболее правдоподобная версия связывает его с прибалтийско-финской основой musta, что значит «тёмная, чёрная». Это объяснимо: в гидронимии и топонимии балтийского региона немало названий, оставленных финно-угорским субстратом, и корень со значением «чёрный» (как цвет воды, леса или почвы) встречается часто. Впрочем, не менее логично увидеть здесь и балтийский корень, родственный литовскому musti — «бить, колотить», но для названия деревни такая этимология менее убедительна.

Интересно, что в литовской ономастике параллельно существует прозвище Saule, которое давали весёлому человеку или тому, кто имел светлые волосы. С фамилией Мустейкис оно связано лишь косвенно, через общую модель: обе фамилии произошли от прозвищ, отражавших либо внешность, либо место жительства. Но если Saule отсылает к солнцу и свету, то musta, напротив, к темноте — так что Мустейкис мог быть «тёмным» по цвету волос или по месту, откуда пришёл.

В русском языке фамилия сохранила литовское окончание без изменений, что типично для фамилий балтийского происхождения, которые не адаптировались под славянские суффиксы -ов или -ин. Это делает её легко узнаваемой и говорит о том, что предки носителя, вероятно, покинули Литву уже с готовой фамилией, а не получили её на русской почве. Сегодня Мустейкисы встречаются и в Литве, и в России, и в других странах, куда уехали литовцы в разные исторические периоды.