Фамилия Мустеев — редкий случай, когда основа слова почти наверняка не славянская, а тюркская. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования: так оформляли фамилии от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -й. Но корень «Мусте-» в русском языке самостоятельного значения не имеет. Значит, предок Мустеевых получил фамилию по имени или прозвищу отца, которое пришло из тюркских языков.

Наиболее вероятное объяснение — связь с арабским именем Мустафа (в тюркском произношении часто звучит как Мустапа или Мустеп). Имя Мустафа означает «избранный», «предпочтённый» — это один из эпитетов пророка Мухаммеда, очень распространённое мужское имя у мусульман. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) при адаптации звук «ф» часто переходит в «п» или «б», а конечный гласный мог редуцироваться. Форма «Мустей» (основа для Мустеев) — это либо диалектный вариант имени Мустафа, либо результат стяжения: Мустафай → Мустей. По этой же модели образованы фамилии Мустаев, Мустафин, Мустепанов.

Вторая версия, менее вероятная, — происхождение от прозвища. В некоторых тюркских говорах есть слово «муста» или «мусте» со значением «упрямый», «своенравный». Но это локальная и плохо задокументированная лексика, поэтому версия с именем Мустафа выглядит убедительнее.

Географически фамилия Мустеев тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением: Поволжье, Урал, а также к Оренбургской области. Русское окончание -ев говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде — скорее всего, при переписях или в документах после вхождения этих земель в состав Российского государства. Носители фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, либо русскими, получившими фамилию от тюркского соседа или родственника.

С точки зрения словообразования фамилия Мустеев — типичный пример того, как иноязычная основа встраивается в русскую патронимическую модель. Она не имеет отношения к древнерусским прозвищам и дворянским родам, а отражает культурный и языковой контакт славянского и тюркского миров.