Фамилия Мутанен — редкий для России случай, когда финское происхождение читается почти без искажений. В отличие от многих фамилий, обрусевших через суффиксы -ов или -ин, Мутанен сохранил исконный финский суффикс -нен, который в переводе означает «маленький» или указывает на принадлежность к чему-то. В финской ономастике такие фамилии массово формировались в XIX веке из названий мест, прозвищ или черт характера.

Основа «мута» в финском языке — это «перемена», «изменение» (mutaatio), но в народной речи слово muta чаще означало «грязь», «ил» или «топь». Скорее всего, прозвище Мута дали человеку, жившему у болотистого берега, на сырой земле, либо тому, кто занимался добычей торфа или глины. Вторая версия — связь с древнекарельским словом muta в значении «тихий», «медлительный»: так могли назвать спокойного, флегматичного человека. Первый вариант правдоподобнее, поскольку географические прозвища в финской среде встречались чаще, чем характеристические.

По модели образования Мутанен — типичная восточно-финская фамилия, распространённая в регионах, граничащих с Россией: в Карелии, на территории бывшей Выборгской губернии, а также среди ингерманландских финнов, переселившихся в Ленинградскую область. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировались у крестьян и мещан, реже — у лютеранских священников. Дворянских родов с окончанием -нен в России практически не было, так что предки носителя фамилии Мутанен — скорее всего, свободные земледельцы или рыбаки с карельского перешейка.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и не меняется у женщин. Ударение, судя по финскому произношению, падает на первый слог: Му́танен. Встречаются варианты написания с одной «т» — Мутанен, но это редкая описка, не меняющая смысла. Однофамильцев в России немного, фамилия сохранилась в основном у потомков финнов, оставшихся после войны в Карелии и Ленобласти.