Фамилия Музаферов — редкий случай, когда основа не славянская, а арабско-тюркская, и попала она в русскую фамильную модель через мусульманскую культуру. В её центре — мужское личное имя Музафер (варианты: Музаффар, Музафер), которое восходит к арабскому корню со значением «побеждать», «одерживать верх». Соответственно, имя переводится как «победитель», «тот, кто одержал победу». Это одно из «красивых» имён, популярных в тюркоязычной среде и на Кавказе, особенно у народов, исповедующих ислам.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Музафер добавили патронимический суффикс -ов. Такой способ — добавление -ов/-ев к именам, прозвищам или профессиям — был в России самым массовым, и его применили к нерусскому имени, когда предка носителя фиксировали в документах: «Музаферов сын», то есть сын Музафера. Фамилия закрепилась как русская по форме, но сохранила восточное звучание.

Географически Музаферовы чаще всего встречаются в регионах с давними татарскими, башкирскими, кавказскими общинами: в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе, а также в среде азербайджанцев и народов Средней Азии, переезжавших в центральную Россию. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такую фамилию могли записать крестьянину, мещанину или купцу из татарского сословия, принявшему православие или оставшемуся в мусульманской среде, но попавшему под русское делопроизводство.

В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я) или на -ский (дворянские и польские), Музаферов — чистый пример «восточного имени + русский суффикс». Это не прозвище, не ремесло и не географическое название. Предок носителя, скорее всего, был просто человеком по имени Музафер — возможно, воином, купцом или духовным лицом, но фамилия не говорит о его занятии, только о том, что его так звали. Спорных версий здесь нет: арабская этимология имени надёжна, а русская модель образования очевидна.