Фамилия Музаффарова — одна из тех, что пришли в русский ономастикон из арабо-мусульманского мира вместе с исламом на Волгу и Кавказ. Её основа — мужское личное имя Музаффар, которое восходит к арабскому корню с семантикой победы. В переводе с арабского «музаффар» означает «победоносный», «одерживающий верх». Это имя было широко распространено в среде татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии, так как в мусульманской традиции оно несёт благословенный смысл и нередко встречается в исторических хрониках.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имён или прозвищ с помощью патронимического суффикса: Музаффарова — «дочь (или жена) Музаффара». Ударение, как правило, падает на последний слог — Музаффарова. В русском контексте фамилия закрепилась в женской форме, хотя мужской вариант — Музаффаров — встречается чаще, так как передаётся по мужской линии.

Географически фамилия Музаффарова (и Музаффаров) наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, а также для регионов Северного Кавказа, особенно Дагестана и Чечни, где арабские имена прочно вошли в обиход. Встречается она и у азербайджанцев, и у народов Средней Азии, но в русской записи фамилия закрепилась именно через суффикс -ов, что указывает на её адаптацию в российской имперской и советской системах учёта. В тюркских языках, например, у казахов или узбеков, форма могла бы выглядеть как Музаффаровна или вовсе без суффикса.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от имён с явной «профессиональной» или «прозвищной» подоплёкой, Музаффарова почти всегда восходит именно к личному имени, а не к роду занятий. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был просто человеком, носившим имя Победоносный — возможно, в честь какого-то события или как пожелание удачи. В редких случаях имя могло стать прозвищем военачальника или удачливого купца, но это уже вторичное употребление.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия фиксировалась в основном среди мусульманского населения, причём написание могло колебаться: встречались варианты Музафаров, Музаффаров, Музаппаров — из-за особенностей произношения в разных диалектах. Но корень оставался неизменным. В советское время фамилия стандартизировалась, и сегодня Музаффарова — это вполне устойчивая, узнаваемая фамилия, не требующая дополнительных разъяснений для тех, кто знаком с арабской лексикой.